日本曾经是朱鹮分布最为广泛、数量最多的国家。关于针对朱鹮的保护与利用的法令法规也最早出现于日本。享保7年（1722），《饲鸟请负定书》中规定一些鸟类包括朱鹮在内等，一律不得私自猎取。
藩政时期（1868年前），日本对野生动物的狩猎活动限制较严，因此，朱鹮在当时相当常见。明治维新（1868）之后，废除藩政，禁猎的规定曾一度得到放宽，这就使得狩猎的人数迅速增加。
日本朱鹮的数量在1868-1900年间急剧减少。二战后，1952年，日本在全国大面积进行调查，仅发现32只朱鹮，分别位于佐渡岛和能登半岛上。
1967年，日本在佐渡岛新穗村设立了保护中心，但捕捉来的朱鹮相继因为不适应人工饲养环境而死亡，只有雌性朱鹮阿金还活着。
1981年1月，日本将境内残存的5只野生朱鹮全部捕捉，带到佐渡岛保护中心饲养，进行“紧急抢救”，但也相继死去，留下的阿绿和阿金都丧失了繁殖能力。
2003年，朱鹮死亡，27岁的朱鹮“老太太”阿金死亡，日本血统的朱鹮全部灭绝。
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