学院下设基础部、船艇指挥系、机电管理系、电子技术系、后勤管理系、进修系等五系一部。
学院2012年实行本科、专科和定向三个层次招生，本科设置航海技术（海警舰艇指挥）、轮机工程（机电技术指挥）、电子科学与技术（公安机要）、电子信息工程（海警信息指挥）四个专业；专科设置边防船艇指挥、部队后勤管理、计算机应用技术、边防通信指挥四个专业；定向设置航海技术、轮机工程技术两个专科专业。 精品课程 |航海仪器（国家级） |计算机网络（浙江省级） |船艇电气设备（浙江省级） |电工与电子技术（浙江省级） |航海仪器（浙江省级） |单边带通信（国家级） |船艇柴油机动力装置管理与维修（公安部） |船艇柴油机动力装置管理与维修（学校级） |船艇机动与编队（学校级） |军需管理（学校级） |船艇生命力（学校级） |公安边防执法基础（学校级） |军需管理（拟评2009年度校级精品课程） |船艇机动与编队（拟评2009年度校级精品课程） |船艇生命力（拟评2009年度校级精品课程） |车辆管理（学校级）
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